FU Berlin Partner im Deutschen Netzwerk Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI)

Das Bundeministerium für Bildung und Forschung (BMBF) fördert ab März für fünf Jahre das Deutsche Netzwerk für Bioinformatik Infrastruktur (de.NBI). Eines der acht Leistungszentren in diesem Netzwerk – das Zentrum für Integrative Bioinformatik (CIBi) – wird dabei für die nächsten fünf Jahre mit zwei Millionen Euro gefördert. CIBi ist ein gemeinsames Zentrum der Universitäten Tübingen und Konstanz sowie der Freien Universität Berlin.

In der biomedizinischen Forschung hat die Einführung von neuen Sequenziermethoden und der hochauflösenden Massenspektrometrie einen Paradigmenwechsel ermöglicht. Die darauf basierenden Hochdurchsatzmethoden wie Genomik, Transkriptomik, Proteomik und Metabolomik – auch Omics-Methoden genannt – geben zwar sehr umfängliche und tiefe Einsichten in zelluläre Systeme, aber die erzeugten Daten sind äußerst umfangreich (im Bereich von Terabytes) und sehr komplex. Zunehmend werden heute auch Daten aus mehreren Technologien parallel erzeugt, zum Beispiel Daten zum Genom und zu den Proteinkonzentrationen in einer Zelle. Für Analyse und Interpretation solcher Datensätze sind daher innovative Algorithmen notwendig. Da ein einzelner Algorithmus für die Analyse dieser Daten nicht mehr ausreicht, werden diese Werkzeuge dann in komplexe Datenanalyse-Workflows eingebunden. Damit wird dann die automatisierte Auswertung selbst komplexester Daten möglich. Das BMBF fördert im Rahmen des Netzwerks die Weiterentwicklung von Algorithmen für die Analyse von Proteom- und Metabolomdaten entwickelt (Tübingen, Softwarepaket OpenMS, Prof. Oliver Kohlbacher), von Genom- und Transkriptomdaten (Berlin, Softwarepaket SeqAn, Prof. Knut Reinert) und der Integration dieser Tools in Workflows (Konstanz, Softwarepaket KNIME, Prof. Michael Berthold)

Das Zentrum für Integrative Bioinformatik ist eng an die anderen sieben Leistungszentren im Deutschen Netzwerk für Bioinformatik angebunden. Das Gesamtnetzwerk wird für fünf Jahre gefördert und nach drei Jahren zwischenevaluiert. Die Koordination des Netzwerks liegt bei der Universität Bielefeld

SeqAn 2.0 released

We are happy to announce the new release of SeqAn 2.0.0.

We have many new features and applications for you and improved many parts in sense of usability, performance and stability.

For example, we have improved the usability and the performance of the I/O-modules. Now BAM-I/O supports parallel read and write operations. We improved automatic read/write operations for compressed file formats, like gzip, bzip2, etc..

We improved the performance of several data structures like the FMIndex, which runs now up to 4 times faster than the old version.

We extended the library with new features like the X-drop extensions for alignments allowing affine gap costs. We added a new realignment module as well as a translation module to translate amino acid alphabet into DNA alphabet.

We implemented many new apps like ANISE and BASIL for insert assembly, Fiona for read error correction, Yara, an enhanced read aligner replacing Masai, and many many more.

With SeqAn 2.0.0 we moved the complete sources to GitHub, which enhances the development cycle in a great way. We improved our build system and added Continous Integration builds with Travis CI. We also updated and improved the API documentation (docs.seqan.de) and switched the tutorials to seqan.readthedocs.org.

You can download the new release and the updated apps from www.seqan.de in the downloads section. You can get the complete sources of the SeqAn 2.0.0 from https://github/seqan/seqan as well.

Simply run:

git clone -b seqan-v2.0.0 https://github.com/seqan/seqan.git seqan-src

and start developing and having fun with SeqAn 2.0.0.

Enjoy!

The SeqAn Team

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seqan-dev mailing list
seqan-dev@lists.fu-berlin.de
https://lists.fu-berlin.de/listinfo/seqan-dev